MTの出力するファイルを静的ファイル(html)ではなく、動的ファイル(PHP)にする場合、 生成するファイルのパーミッションをデフォルトから変更する必要がある。
具体的にはmt-config.cgiに次のように記述。

HTMLUmask 0022
HTMLPerms 0777
UploadUmask 0022
UploadPerms 0777
DirUmask 0022
HTMLPermsに設定した値が基準値となり、そこからHTMLUmaskに設定した値を引き算した数が自動生成されるファイルのパーミッションになる。
単純に
HTMLPerms 0755 と記述してもいいような感じだけど、サーバによってはマスクがシステム設定されている場合があり、競合するとパーミッションが0755にならない場合があるため、一旦基準を0777に設定し、そこから引くのが正解。
ちなみに、
HTMLUmask, HTMLPermsは、生成するファイルに対する設定値。
UploadUmask, UploadPermsは、アップロードファイルに対する設定値。
DirUmaskは、生成するディレクトリに対する設定値。